Gráfico de volcán

Cambio y significación de muchas pruebas.

Definición

Un gráfico de volcán sitúa cada prueba de un cribado según dos ejes: el tamaño del cambio, en logaritmo, en horizontal, y la significación, como menos logaritmo del p-valor, en vertical. Las pruebas que superan los dos umbrales quedan arriba a los lados y llevan su nombre. Se usa cuando se hacen muchas pruebas a la vez —genes, segmentos, categorías— y hay que separar el efecto real del ruido.

Editar con tus datos SVG Spec JSON

Doce incidencias cruzan el 0,05; siete sobreviven a los otros dos filtros

Datos: label · efecto · pvalor
Buena para: Encontrar, entre muchas pruebas, las que tienen a la vez un cambio grande y una significación sólida.
Evítala cuando: Cuando sólo hay unas pocas pruebas: con menos de ocho, la nube no tiene forma que leer.
Se lee bien: Entre 8 y 5000 elementos; dibuja hasta 5000
Datos que faltan: Omite el valor ausente y lo declara aparte.
Accesibilidad: Lector de pantalla: resumen en texto · respeta «reducir movimiento»

Forma de los datos

Qué columnas pide

Columna	Tipo	Para qué
`label`	string	El NOMBRE de cada prueba del cribado: la categoría, el gen, el segmento. Es lo que se escribe al lado de los que pasan los dos umbrales, o sea la conclusión de la lámina.
`efecto`	number	La MAGNITUD del cambio. Por defecto se lee como una razón (después ÷ antes) y el eje la pasa a log₂; con `volcano.efecto: "log2"` se toma ya transformada. Confundir las dos no rompe el dibujo: lo desplaza.
`pvalor`	number	El p-valor de ESA prueba, tal y como salió de ella, en (0, 1]. El componente no hace la prueba: lee su resultado y sólo calcula lo que depende de cuántas pruebas hay (el −log₁₀ del eje y la corrección por multiplicidad).

Tamaños

Ancha por necesidad

Esta pieza necesita anchura para que cada rótulo quepa entero. El motor prefiere decirlo a apretarla.

A menos de 480 px sus rótulos no caben sin pisarse o recortarse, y el motor no la publica así. En el móvil se ve la versión ancha, a tamaño legible y sin recortar, dentro de un marco que se desliza.

Cuándo usarla

Tres preguntas antes de elegirla

¿Son muchas pruebas y no unas pocas?

Con pocas pruebas, cada una con su intervalo de confianza, un diagrama de bosque las enseña una a una.

Sí: quédate con gráfico de volcán

No: usa Forest plot

¿Importa el tamaño del cambio además de la significación?

Si sólo cuenta el p-valor a lo largo de una posición ordenada, como un genoma, el gráfico Manhattan es el habitual.

Sí: quédate con gráfico de volcán

No: usa Gráfico Manhattan

¿Los dos ejes son efecto y p-valor?

Si quieres cruzar dos medidas cualesquiera, basta un diagrama de dispersión.

Sí: quédate con gráfico de volcán

No: usa Gráfico de dispersión

Código

La misma pieza, con tus datos

import { getPreset, renderComposition } from 'visx-render/node';

const spec = await getPreset('volcano');
spec.data.rows = misFilas; // label, efecto, pvalor
const { svg, warnings } = await renderComposition(spec);

También en React con Chart y prepareComposition. Guía para desarrolladores →

Dudas

¿Cómo tengo que dar el efecto?

Por defecto como una razón, después entre antes, y el eje la pasa a log₂. Si ya viene en log₂, hay que indicarlo; confundirlo no rompe el dibujo, lo desplaza.

¿La pieza calcula la prueba estadística?

No. Lee el p-valor tal como salió de cada prueba y sólo calcula lo que depende de cuántas pruebas hay: el eje vertical y la corrección por multiplicidad.

¿Qué pruebas llevan nombre?

Las que pasan los dos umbrales, el de efecto y el de significación: son la conclusión de la lámina.

¿Qué hace si faltan datos?

Omite el valor ausente y lo declara aparte.

¿Cómo se ve en el móvil?

A menos de 480 px el motor no la compone sin pisar o cortar rótulos, y lo dice. En el móvil se ve la versión ancha, a tamaño legible, dentro de un marco que se desliza.

Relacionadas

Otras formas de responder «dónde se sitúa cada uno»

Guía para elegir: dónde se sitúa cada uno →