Gráfico Manhattan

Señales significativas a lo largo del genoma.

Definición

Un gráfico Manhattan pone cada prueba de un cribado en su posición a lo largo de bloques ordenados, como los cromosomas, y en vertical el −log₁₀ de su p-valor. Las señales aparecen como torres que superan un umbral horizontal. Se usa en estudios de asociación genómica para localizar hallazgos.

Editar con tus datos SVG Spec JSON

Tres de las nueve torres del cribado ya tienen fármaco

Datos: cromosoma · posicion · pvalor · label
Buena para: Localizar en qué tramos de un cribado por posiciones hay señales que superan el umbral.
Evítala cuando: Cuando las pruebas no tienen una posición ordenada: el eje horizontal es una dirección, no una magnitud.
Se lee bien: Entre 20 y 5000 elementos; dibuja hasta 5000
Datos que faltan: Omite el valor ausente y lo declara aparte.
Accesibilidad: Lector de pantalla: resumen en texto · respeta «reducir movimiento»

Forma de los datos

Qué columnas pide

Columna	Tipo	Para qué
`cromosoma`	string	El BLOQUE del eje: el cromosoma, el contig, el brazo. Parte el eje en bandas, y el ORDEN DE APARICIÓN en la tabla es el orden de las bandas — esta figura no las ordena ella, porque ordenar como texto pone el 10 antes que el 2 y ordenar como número deja fuera a X e Y.
`posicion`	number	La coordenada DENTRO de su bloque, en la unidad que quieras (bp, kb, Mb): la figura concatena los bloques ella misma. No le pases coordenadas acumuladas de genoma entero — las bandas saldrían solapadas en significado y no hay forma de que la figura lo sepa.
`pvalor`	number	El p-valor de la prueba en esa posición, tal y como salió de ella, en (0, 1]. El componente no hace la prueba: lee su resultado y calcula el −log₁₀ que la ordenada necesita para que 10⁻⁸ y 10⁻⁴⁰ no caigan en el mismo píxel.
`label` · opcional	string	El nombre del locus, si la tabla lo trae. OPCIONAL: la lámina se lee sin él. Se escribe UNO POR TORRE —el del marcador guía, o el de cualquiera de su grupo si el guía viene sin anotar—, nunca uno por marcador: escribir «LDLR» seis veces, una por variante del mismo locus, es el recuento inflado que esta figura existe para no publicar.

Tamaños

Recompuesta, no encogida

El motor vuelve a componer la pieza a cada ancho: los rótulos conservan su cuerpo y la figura gana alto si lo necesita.

Móvil · 408 × 644 px

Escritorio · 1048 × 778 px

Cuándo usarla

Tres preguntas antes de elegirla

¿Las pruebas tienen una posición en bloques ordenados?

Si no la tienen y lo que importa es el tamaño del efecto frente a la significación, se cruzan las dos cosas.

Sí: quédate con gráfico manhattan

No: usa Gráfico de volcán

¿Te fías de la calibración de los p-valores?

Si sospechas una inflación general de la señal, comparar los p-valores con los esperados lo enseña.

Sí: quédate con gráfico manhattan

No: usa Gráfico Q-Q

¿Son cientos o miles de pruebas?

Si son una decena de resultados, cada uno con su intervalo, se leen mejor uno por fila.

Sí: quédate con gráfico manhattan

No: usa Forest plot

Código

La misma pieza, con tus datos

import { getPreset, renderComposition } from 'visx-render/node';

const spec = await getPreset('manhattan');
spec.data.rows = misFilas; // cromosoma, posicion, pvalor
const { svg, warnings } = await renderComposition(spec);

También en React con Chart y prepareComposition. Guía para desarrolladores →

Dudas

¿Cómo se fija el umbral?

Se declara; no se deduce del número de filas, porque la lámina suele llevar una muestra reducida del cribado. Para aplicar Bonferroni hay que decir cuántas pruebas se hicieron.

¿Paso posiciones acumuladas de todo el genoma?

No: la posición va dentro de su bloque, en la unidad que quieras. La figura concatena los bloques en el orden en que aparecen en la tabla.

¿Por qué sólo aparece un nombre por torre?

Porque las posiciones vecinas son el mismo hallazgo: rotular cada marca contaría varias veces lo mismo.

¿Qué hace si faltan datos?

Omite el valor ausente y lo declara aparte.

¿Cómo se ve en el móvil?

El motor la recompone a 360 px de ancho —rótulos, leyenda y alto— en vez de encoger la versión de escritorio.

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